As principais formas de tratamento da doença são a Quimioterapia, a Radioterapia, a Cirurgia e a Imunoterapia. Os factores de escolha do tipo de terapia a ser realizada são:
- tipo e a localização do cancro
- tamanho do tumor
- se puder espalhar por outras partes do corpo, criando metástases (tumor secundário)
- idade e o estado de saúde do paciente
O tipo de tratamento é avaliado caso a caso, tendo sempre em consideração a análise dos riscos e benefícios que o tratamento irá trazer para a criança.
Para que o tratamento seja eficaz, é importante que a criança seja acompanhada por uma equipa de vários especialistas, incluindo, oncologistas pediatras, cirurgiões pediatras, radiologistas, bem como enfermeiros, assistentes sociais, psicólogos, nutricionistas e farmacêuticos.
O tratamento deve ter em conta o todo, inclusive, a melhoria da qualidade de vida e bem-estar da criança na sociedade.

Onde?
Em Portugal existem 3 locais para tratamento de cancro pediátrico:
- IPO Lisboa, em coordenação com o Centro Hospitalar Central e o Centro Hospitalar Lisboa Norte na área do Tumores do sistema nervoso central
- IPO Porto em colaboração com a Unidade Local de Saúde de São João
- Unidade Local de Saúde de Coimbra
Estes hospitais foram reconhecidos como centros de referência para a oncologia pediátrica no Despacho n.º 3653/2016 – Diário da República n.º 50/2016, Série II de 2016-03-11.
É para estes Hospitais que os médicos de família ou pediatras referenciam as crianças em caso de suspeita de cancro e onde estas crianças serão seguidas durante e após tratamento.